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短程蒸餾器的分子蒸餾是在普通蒸餾的基礎(chǔ)上引進(jìn)飽和蒸汽壓和分子平均自由程的概念，將脫離液相主體的輕組份分子以較快的速度捕捉積聚，也是加熱面到冷凝面的距離等于或小于輕組份分子的逸出自由程，但需要大于重組份的分子平均自由程。

為了得到好的捕捉效果，冷凝面積要大于蒸發(fā)面積，以得到分子蒸餾的目的。但由于受設(shè)備結(jié)構(gòu)的影響，實際的設(shè)備不可能得到理想分子蒸餾的條件，只能接近或模擬分子蒸餾，因此我們稱之為短程蒸餾器，決定其分離能力的因素有以下幾個方面：

1、混合液體中輕組份從液相主體向加熱面的擴散速度；

2、輕組份的飽和蒸汽壓及系統(tǒng)的真空度；

3、輕組份分子逸出到捕捉及冷凝積聚的速度（即加熱面到冷凝面的距離）。

在設(shè)備內(nèi)放置內(nèi)置冷凝器，使加熱面與冷凝面之間的距離小于或等于輕組份的分子平均自由程，由蒸發(fā)面逸出的分子飛射及凝集到冷凝面上，使輕組份的收集積聚達(dá)較快的速度。輕組份的一瞬凝聚，不會有阻力降，因此能保障短程蒸餾器內(nèi)的高真空。